北京大学连续两年问鼎2009中国大学排行榜榜首,清华大学居第二,复旦大学名列第三,浙江大学和南京大学分列第四和第五。
| 名次 | 学校名称 | 所在省市 | 类型 | 总分 | 科学研究 | 人才培养 | 综合声誉 |
| 150 | 长春理工大学 | 吉林 | 理工 | 2.36 | 2.74 | 2.06 | 0.35 |
| 151 | 浙江理工大学 | 浙江 | 理工 | 2.34 | 3.6 | 0.95 | 1.09 |
| 152 | 中北大学 | 山西 | 理工 | 2.33 | 2.83 | 1.84 | 0.75 |
| 153 | 西南石油大学 | 四川 | 理工 | 2.19 | 2.41 | 1.98 | 0.83 |
| 154 | 上海中医药大学 | 上海 | 医药 | 2.18 | 2.26 | 2.12 | 0.81 |
| 155 | 云南农业大学 | 云南 | 农林 | 2.17 | 3.2 | 1.14 | 0.4 |
| 156 | 辽宁师范大学 | 辽宁 | 师范 | 2.16 | 1.4 | 3.07 | 0.47 |
| 157 | 青岛科技大学 | 山东 | 理工 | 2.07 | 2.32 | 1.82 | 0.81 |
| 158 | 云南师范大学 | 云南 | 师范 | 2.05 | 2.47 | 1.57 | 1 |
| 159 | 河北医科大学 | 河北 | 医药 | 2.02 | 1.29 | 2.88 | 0.57 |
| 160 | 兰州理工大学 | 甘肃 | 理工 | 1.99 | 2.24 | 1.79 | 0.52 |
| 161 | 河北农业大学 | 河北 | 农林 | 1.97 | 1.46 | 2.59 | 0.49 |
| 河南农业大学 | 河南 | 农林 | 1.97 | 2.05 | 1.86 | 1.19 | |
| 163 | 宁波大学 | 浙江 | 综合 | 1.94 | 2.43 | 1.29 | 1.62 |
| 青海大学 | 青海 | 综合 | 1.94 | 1.33 | 0.5 | 15 | |
| 165 | 天津工业大学 | 天津 | 理工 | 1.92 | 2.05 | 1.74 | 1.07 |
| 166 | 兰州交通大学 | 甘肃 | 理工 | 1.91 | 1.69 | 2.1 | 1.31 |
| 167 | 首都经济贸易大学 | 北京 | 财经 | 1.88 | 1.02 | 2.75 | 1.34 |
| 168 | 北京体育大学 | 北京 | 体育 | 1.87 | 0.3 | 2.4 | 8.88 |
| 西藏大学 | 西藏 | 综合 | 1.87 | 1.31 | 0.33 | 15.27 | |
| 170 | 四川师范大学 | 四川 | 师范 | 1.85 | 1.62 | 1.95 | 1.95 |
| 171 | 汕头大学 | 广东 | 综合 | 1.81 | 1.56 | 2.03 | 1.12 |
| 哈尔滨理工大学 | 黑龙江 | 理工 | 1.81 | 1.25 | 2.46 | 0.55 | |
| 173 | 大庆石油学院 | 黑龙江 | 理工 | 1.79 | 0.64 | 2.41 | 5.07 |
| 174 | 新疆医科大学 | 新疆 | 医药 | 1.77 | 2.01 | 1.48 | 1.01 |
| 175 | 长沙理工大学 | 湖南 | 理工 | 1.75 | 1.89 | 1.64 | 0.6 |
| 176 | 沈阳工业大学 | 辽宁 | 理工 | 1.71 | 1.77 | 1.68 | 0.5 |
| 上海理工大学 | 上海 | 理工 | 1.71 | 1.11 | 2.38 | 0.77 | |
| 178 | 天津中医药大学 | 天津 | 医药 | 1.68 | 1.3 | 2.15 | 0.41 |
| 179 | 沈阳药科大学 | 辽宁 | 医药 | 1.67 | 0.91 | 2.58 | 0.25 |
| 180 | 杭州电子科技大学 | 浙江 | 理工 | 1.66 | 1.87 | 1.44 | 0.72 |
| 广西师范大学 | 广西 | 师范 | 1.66 | 1.19 | 2.12 | 1.12 | |
| 182 | 江西师范大学 | 江西 | 师范 | 1.65 | 0.97 | 2.37 | 0.97 |
| 183 | 安徽医科大学 | 安徽 | 医药 | 1.62 | 1.74 | 1.55 | 0.38 |
| 184 | 哈尔滨师范大学 | 黑龙江 | 师范 | 1.61 | 0.89 | 2.42 | 0.68 |
| 安徽农业大学 | 安徽 | 农林 | 1.61 | 1.14 | 2.15 | 0.69 | |
| 186 | 辽宁工程技术大学 | 辽宁 | 理工 | 1.60 | 0.45 | 2.21 | 5.04 |
| 187 | 西南科技大学 | 四川 | 理工 | 1.58 | 2.04 | 0.74 | 2.94 |
| 188 | 北京语言大学 | 北京 | 语文 | 1.57 | 1.31 | 1.69 | 1.8 |
| 成都中医药大学 | 四川 | 医药 | 1.57 | 1.15 | 2.02 | 0.78 | |
| 190 | 江西农业大学 | 江西 | 农林 | 1.55 | 0.84 | 1.66 | 5.21 |
| 191 | 江西财经大学 | 江西 | 财经 | 1.52 | 0.73 | 2.36 | 0.92 |
| 河南理工大学 | 河南 | 理工 | 1.52 | 0.77 | 2.38 | 0.47 | |
| 193 | 中南林业科技大学 | 湖南 | 林业 | 1.51 | 1.32 | 1.73 | 0.65 |
| 194 | 广东外语外贸大学 | 广东 | 语文 | 1.5 | 1.39 | 1.46 | 1.73 |
| 广州大学 | 广东 | 综合 | 1.5 | 1.27 | 1.28 | 3.87 | |
| 196 | 南京邮电大学 | 江苏 | 理工 | 1.48 | 1.32 | 1.65 | 0.69 |
| 吉林农业大学 | 吉林 | 农林 | 1.48 | 1.55 | 1.48 | 0.27 | |
| 198 | 浙江工商大学 | 浙江 | 财经 | 1.45 | 1.48 | 1.33 | 1.27 |
| 199 | 大连医科大学 | 辽宁 | 医药 | 1.43 | 1.31 | 1.58 | 0.56 |
| 200 | 南京中医药大学 | 江苏 | 医药 | 1.42 | 0.96 | 1.93 | 0.62 |